Learn Hardcore Dutch: In de magnetron maakt hij snel een kom soep warm. - In the microwave he quickly makes a bowl of soup warm.

Dutch main clauses follow the verb-second (V2) rule: the finite verb (here: maakt) must be in second position, but anything can be in first position (subject, time, place, etc.).

Neutral order: Hij maakt snel een kom soep warm in de magnetron.
Focus on place: In de magnetron maakt hij snel een kom soep warm.

Putting In de magnetron first emphasizes where he heats the soup. Because that phrase is first, maakt must come second, and hij moves after the verb: maakt hij (inversion of subject and verb).

Why is it maakt hij and not hij maakt after In de magnetron?

Because of the V2 rule: the finite verb must be the second element in the main clause.

If Hij is first: Hij maakt snel een kom soep warm.
If some other element is first (here: In de magnetron), then the verb comes second and the subject follows the verb:
In de magnetron maakt hij snel een kom soep warm.

So maakt hij is just the inversion that happens after moving In de magnetron to the front.

Why is it maakt … warm with warm at the end?

Maken … warm here is a resultative construction:

maken = to make
warm = warm

Literally: to make a bowl of soup warm.

In Dutch main clauses, the finite verb often comes earlier and other verb-related elements end up near the end:

maakt hij snel een kom soep warm

So maakt and warm “split” around the rest of the sentence. In a subordinate clause they come back together at the end:

…, omdat hij snel een kom soep warm maakt.
(…because he quickly makes a bowl of soup warm.)

Could this also be written with one verb, like verwarmen or opwarmen?

Yes, you can express the same idea in a few ways:

Hij warmt in de magnetron snel een kom soep op.
In de magnetron warmt hij snel een kom soep op.
Hij verwarmt in de magnetron snel een kom soep. (more formal / written)

Differences:

warm maken – very common, everyday, slightly “periphrastic” (two-word) way.
opwarmen – separable verb; very frequent for food: de soep opwarmen.
verwarmen – a bit more formal or technical (heating a room, water, etc.).

All are grammatically fine; the original just uses the very natural warm maken pattern.

Why is it een kom soep and not een kom van soep like in English a bowl of soup?

In Dutch, with many foods and drinks, you omit the word van in these “container + content” expressions:

een kom soep = a bowl (of) soup
een glas wijn = a glass (of) wine
een kopje koffie = a cup (of) coffee
een fles water = a bottle (of) water

So een kom soep is the normal, idiomatic way; een kom van soep sounds wrong or at least very unusual in standard Dutch.

Why is there no article before soep? Why not een kom de soep or een kom een soep?

Because soep is used as a mass noun here, like water, wine, coffee:

een kom soep – a bowl of (some) soup
een glas wijn – a glass of (some) wine

You don’t normally put an article on the content in this structure. You would only use an article if you meant a specific soup, for example:

een kom van de soep – a bowl of the (already mentioned) soup
(rare and sounds marked; you’d usually rephrase)
een kom van die soep – a bowl of that soup

In everyday speech, een kom soep is the standard phrase.

Why is it kom soep and not kom soepE or something similar?

Soep is just the regular noun soep (soup). There is no extra ending here because:

It is not an adjective modifying kom.
It is not a plural form.
It is not being declined (Dutch has almost no case endings).

So een kom soep is literally a bowl [of] soup, with soep simply in its bare noun form.

Why is it de magnetron and not het magnetron?

In Dutch, every noun is either:

de-word (common gender)
het-word (neuter)

You just have to learn each noun’s gender. For these:

de magnetron (microwave) – common gender
de kom (bowl) – common gender
de soep (soup) – common gender

Since magnetron is a de-word, the correct definite article is de magnetron.

Why do we use in the microwave, not something like op or naar?

Preposition choice here follows the physical reality and idiom:

in de magnetron – literally inside the microwave, which is where the bowl is.
op de magnetron – on top of the microwave (wrong meaning here).
naar de magnetron – to the microwave (movement towards it, not inside it).

So to describe heating food inside that appliance, Dutch normally uses in de magnetron.

What does snel modify, and could it go in another place in the sentence?

Snel means quickly and modifies the action of heating the soup.

Word order is fairly flexible with adverbs like snel. All of these are possible (with slightly different rhythm/emphasis):

Hij maakt snel een kom soep warm in de magnetron.
Hij maakt in de magnetron snel een kom soep warm.
In de magnetron maakt hij snel een kom soep warm. (original)
In de magnetron maakt hij een kom soep snel warm. (a bit marked, but possible)

Basic rule of thumb: place snel before the part you want to stress or before the main object phrase. In the original, the focus is roughly “in the microwave, he quickly heats a bowl of soup.”

Could you also say Hij maakt in de magnetron snel een kom soep warm? Is that better or worse?

Yes, that is perfectly correct and very natural:

Hij maakt in de magnetron snel een kom soep warm.

Difference:

In de magnetron maakt hij… – emphasizes where (fronted place phrase).
Hij maakt in de magnetron… – more neutral subject-first word order, just mentioning the place later.

Both are grammatical; choice depends on what you want to emphasize.

Is magnetron the only word for microwave, or are there regional variations?

There are regional differences:

In the Netherlands, de magnetron is the standard word.
In Flanders (Belgium), people often say de microgolf or de microgolfoven.

So you might also see:

In de microgolfoven maakt hij snel een kom soep warm. (more Belgian)

How would you put this sentence in the past tense?

The verb maken is a regular weak verb:

Present: hij maakt
Simple past: hij maakte
Past participle: gemaakt

So the simple past version of the whole sentence is:

In de magnetron maakte hij snel een kom soep warm.
= In the microwave, he quickly heated a bowl of soup.