Learn Hardcore Dutch: In de winkel is een aanbieding voor appels; er zijn er nog twee. - There is a special offer for apples in the store; there are still two of them.

The first er is the dummy/existential subject, roughly “there” in English: Er zijn... = “There are...”.
The second er is the partitive pronoun meaning “of them,” referring back to appels: ... er nog twee = “... two (of them).”

So Er zijn er nog twee means “There are still two (of them).”

Can I drop one of those "er"s?

If you name the noun, you drop the partitive er: Er zijn nog twee appels.
Even without repeating the noun, many speakers also say: Er zijn nog twee (over). That’s fine; context supplies “of them.”
Keeping both is very common and explicit: Er zijn er nog twee.
Don’t drop the first er in this neutral “there are” clause; starting with just Zijn nog twee is not idiomatic in a main clause.

Where do I put words like “nog,” “maar,” and “over” around “er”?

Typical order in a main clause is:

Er (existential) + verb + (partitive) er
- adverbs like nog/maar
  - numeral + optional over. Examples:
Er zijn er nog twee.
Er zijn er nog maar twee. (“only two left”)
Er zijn er nog precies twee over.

What exactly does nog mean here?

Nog can mean:

“still/left” in a state-of-what-remains sense: Er zijn nog twee (appels). = “There are two left.”
“more/additional” when you request or add items: Ik wil nog twee appels. = “I want two more apples.”

Context decides which reading is intended.

Do I need to add over to say “left,” as in “Er zijn er nog twee over”?

No. Er zijn er nog twee already implies “two left” in most contexts. Adding over just makes the “leftover/remain” sense explicit. Both are fine:

Er zijn er nog twee.
Er zijn er nog twee over.

Is aanbieding voor appels idiomatic? Wouldn’t people more often say something else?

It’s correct and idiomatic. Other very common ways to phrase it are:

Appels zijn in de aanbieding. (“Apples are on sale.”)
Er is korting op appels. (“There’s a discount on apples.”) You may also hear aanbieding op appels, especially in ads or Belgian Dutch, but in de aanbieding and korting op are the safest, most general collocations.

Should there be an er in the first clause: “In de winkel is (er) een aanbieding ...”?

Both are possible:

In de winkel is een aanbieding voor appels.
Er is in de winkel een aanbieding voor appels.
In de winkel is er een aanbieding voor appels. All are grammatical. Using existential er is very common in “there is/are” statements; without er is also natural when you front a location like In de winkel.

Why does the verb come before “een aanbieding” in “In de winkel is een aanbieding ...”?

Dutch main clauses follow the V2 rule: the finite verb must be in second position. Since In de winkel is put first, the verb is has to be second: In de winkel | is | een aanbieding ...

Why voor appels and not van or op?

voor with aanbieding means the offer targets that product: een aanbieding voor appels.
van would mean “of/from,” which doesn’t fit here.
op is standard with korting: korting op appels. With aanbieding, voor or the set phrase in de aanbieding is more typical in the Netherlands.

Why plural appels and not appelen?

Both exist, but appels is the normal modern plural in Standard Dutch. Appelen is older or regional (more frequent in Belgium).

How do I say “only two left”?

Use maar or (more formal) slechts:

Er zijn er nog maar twee.
Er zijn er nog slechts twee.
With the noun: Er zijn nog maar twee appels.

Can I use blijven (“to remain”) to emphasize that only two remain?

Yes:

Er blijven er nog twee (over).
Er bleven er nog twee over. (past) This stresses the idea that after some change, two remain.

What happens in a subordinate clause with the two er’s?

You typically avoid doubling er and just keep the existential one (or name the noun):

Ik denk dat er nog twee zijn.
Ik denk dat er nog twee appels zijn. Most speakers don’t say: ✗ ... dat er er nog twee zijn.

Is the semicolon necessary here?

It’s a stylistic choice. The semicolon links two closely related main clauses without a conjunction. You could also use a period:

In de winkel is een aanbieding voor appels. Er zijn er nog twee. A plain comma without a conjunction is not recommended in formal writing.

Any quick pronunciation tips for the sentence?

er is usually reduced to a weak sound, often like “’r” [ər].
aanbieding has long aa and long ie: roughly [AAN-bee-ding].
Natural stress falls on content words: wínkel, aanbíeding, áppels, twée. Spoken fast, you’ll often hear: “...; ’r zijn ’r nog twee.”

Could I say “two big ones left,” and how would that look?

Yes, you can nominalize the adjective:

Er zijn er nog twee grote (over). = “There are still two big ones (left).” Because it’s plural, the adjective takes -e: grote.

Could I use a posture verb instead of zijn?

Yes. Dutch often uses posture verbs to be more specific:

Er liggen er nog twee. (lying, e.g., in a crate)
Er staan er nog twee. (standing, e.g., on a shelf)
Er zitten er nog twee in de zak. (sitting/contained) Zijn is the neutral, all-purpose choice.