Это был не прямой ответ, а только ясный намёк, и я сразу всё поняла.

It was not a direct answer, but only a clear hint, and I understood everything at once.

Breakdown of Это был не прямой ответ, а только ясный намёк, и я сразу всё поняла.

• я: I
• быть: to be
• и: and
• не: not

Questions & Answers about Это был не прямой ответ, а только ясный намёк, и я сразу всё поняла.

Why is the verb был masculine if это looks neuter?

In the pattern Это был / Это была / Это было + noun, the past-tense form usually agrees with the noun that identifies это, not with это itself.

So here:

• ответ = masculine
• намёк = masculine

That is why Russian uses был.

Compare:

• Это была ошибка. = It was a mistake.
• Это было письмо. = It was a letter.

Why is не written separately in не прямой ответ? Why not непрямой?

Because there is an explicit contrast: не ..., а ... = not ..., but ...

Russian normally writes не separately with adjectives when the sentence sets up this kind of opposition:

• не прямой ответ, а только ясный намёк
• не большой, а маленький
• не интересный, а скучный

If there were no such contrast, непрямой as one word could exist in other contexts and mean something like indirect.

Why does the sentence use а, not но?