Na półce są książki, których jeszcze nie przeczytałam.

Because na can take different cases depending on meaning.

• na półce = on the shelf in the sense of location, so półka goes into the locative: półce
• na półkę = onto the shelf, with movement toward it, so it takes the accusative

So here, since the books are already there, na półce is the correct form.

Because książki is plural.

• jest = is for singular
• są = are for plural

So:

• Na półce jest książka = There is a book on the shelf.
• Na półce są książki = There are books on the shelf.

Here książki is in the nominative plural, because it is the subject of są.

Even though książki can also look like the accusative plural in some contexts, in this sentence it is clearly nominative because it means books are.

Yes, both are possible, but the focus changes.

• Na półce są książki sounds like On the shelf, there are books — it introduces what is on the shelf.
• Książki są na półce sounds more like The books are on the shelf — it starts with the books themselves.

Polish word order is flexible, and it often reflects emphasis or what information is new.

Because Polish has no articles.

English needs words like a, an, and the, but Polish does not. So książki can mean:

• books
• the books
• some books

The exact meaning depends on context.

Których is the relative pronoun który in the genitive plural. It means something like which/that here.

It refers back to książki, and its form is determined by what the relative clause needs. In the clause których jeszcze nie przeczytałam, the books are the object of a negated verb, and in standard Polish that object goes into the genitive.

That is why you get:

• książki, których... not
• książki, które... in this sentence

In standard Polish, no — not in this sentence.

With a negated transitive verb like nie przeczytałam, Polish normally uses the genitive for the object. That is why the relative pronoun must also be genitive:

• książki, których jeszcze nie przeczytałam

But in a positive sentence, you would use które:

• książki, które już przeczytałam = the books that I have already read

So this contrast is very useful:

• które już przeczytałam
• których jeszcze nie przeczytałam

This is a classic Polish grammar rule: many direct objects change from accusative to genitive after negation.

Compare:

• Przeczytałam te książki. = I read those books.
• Nie przeczytałam tych książek. = I didn’t read those books.

The same thing happens in the relative clause:

• książki, które przeczytałam
• książki, których nie przeczytałam

So których is there because the verb is negated: nie przeczytałam.

Here jeszcze means yet.

So:

• jeszcze nie przeczytałam = I haven’t read yet

In other contexts, jeszcze can also mean still or more, depending on the sentence. But with nie plus a perfective verb, jeszcze very often corresponds to English yet.

Because przeczytać is a perfective verb, while czytać is imperfective.

• czytać = to read, to be reading, to read in general
• przeczytać = to read through, to finish reading

In this sentence, the point is completion: the speaker has not finished reading those books yet. That is why przeczytałam is natural.

Compare:

• Nie czytałam tych książek. = I wasn’t reading / I didn’t read those books
• Nie przeczytałam tych książek. = I didn’t finish/read those books

With jeszcze, the perfective version is especially natural for haven’t read yet.

Because the speaker is female.

In Polish past tense, the verb shows gender in the singular:

• przeczytałam = I read / I have read, said by a woman
• przeczytałem = I read / I have read, said by a man

So this sentence tells you that the speaker is female.

Because Polish often leaves out subject pronouns when they are not needed.

The ending of przeczytałam already tells you:

• first person singular = I
• feminine speaker

So ja is unnecessary unless you want emphasis or contrast.

For example:

• Jeszcze nie przeczytałam. = I haven’t read it yet.
• Ja jeszcze nie przeczytałam. = I haven’t read it yet. (with emphasis on I)

Because których jeszcze nie przeczytałam is a relative clause, and Polish normally separates relative clauses with a comma.

So the comma is required here:

• Na półce są książki, których jeszcze nie przeczytałam.

This is similar to how English often uses a clause like books that I haven’t read yet, though Polish punctuation rules are stricter in this area.