Learn Hardcore Dutch: Tom zette de boodschappen op de achterbank en haalde het pakket bij het afhaalpunt op. - Tom put the groceries on the back seat and picked up the package at the pickup point.

Main clause: Tom haalt/haalde het pakket op.
Subordinate clause: ... omdat Tom het pakket ophaalt/ophaalde.
Perfect tense: Tom heeft het pakket opgehaald. (the ge goes between prefix and stem)

Are the two op’s the same word?

No. The first op is a preposition meaning on in op de achterbank. The second op is a separable particle in the verb ophalen, which as a whole means to pick up/collect. They look the same but behave differently.

Can I also say haalde het pakket op bij het afhaalpunt?

Yes. Both

... haalde het pakket bij het afhaalpunt op and
... haalde het pakket op bij het afhaalpunt occur. The version with op at the very end (... bij het afhaalpunt op) is the safest default in writing; the other order is common in speech too.

Why is it bij het afhaalpunt and not van/aan/op/in?

bij = at/near a place. Iets bij een afhaalpunt ophalen is the idiomatic way to say you collect it there.
van highlights the source: het pakket van het afhaalpunt halen is possible but less usual here.
aan fits things like aan de muur or aan de balie; not natural with afhaalpunt.
op would mean on top of something.
in would mean inside the pickup point; you can use it if you stress being inside the building: in het afhaalpunt.

Why zette and not legde/stopte/deed?

zetten = put/set something down (often upright or as a general “put”). Very common with bags/crates.
leggen = lay something down flat. Also fine here if you imagine laying items flat.
doen/stoppen = put something into a container: de boodschappen in de kofferbak doen/stoppen.
plaatsen = formal, neutral “place”. All can work depending on nuance; zetten is the most idiomatic for bags on a seat.

Why simple past (zette, haalde) instead of the perfect?

Written narrative Dutch often uses the simple past for completed events. In everyday speech you’d more likely hear: Tom heeft de boodschappen op de achterbank gezet en het pakket bij het afhaalpunt opgehaald.

Is boodschappen always plural when talking about groceries?

Yes. Groceries are typically de boodschappen (plural). Een boodschap usually means a message/errand, not a single grocery item. Fixed phrase: boodschappen doen = to do the shopping.

Why het pakket (not de pakket)?

Pakket is a neuter noun, so it takes het: het pakket. The diminutive pakketje is also neuter: het pakketje.

Why het afhaalpunt?

Dutch compounds take the gender of their final element. The head here is punt (a neuter noun: het punt), so the compound is het afhaalpunt.

Is afhaalpunt really one word?

Yes. Dutch compounds are written as a single word: afhaal + punt → afhaalpunt; achter + bank → achterbank. No hyphen is needed here.

Do I need a comma before en?

No comma is required before en when coordinating two main clauses that share the subject: Tom zette ... en haalde ... op. A comma can be added for a deliberate pause in long sentences, but it’s not standardly needed here.

Why is it op de achterbank and not in de achterbank?

You place things on top of the seat surface:

op de achterbank = on the back seat
in de kofferbak = in the trunk/boot
op de passagiersstoel = on the passenger seat

What would this look like in a subordinate clause?

Example: ... omdat Tom de boodschappen op de achterbank zette en het pakket bij het afhaalpunt ophaalde. In subclauses, separable verbs are written together (ophalen → ophaalde) and go to the clause-final verb position.

What are the past participles and auxiliaries here?

zetten → heeft gezet (past participle: gezet, auxiliary: hebben)
halen → heeft gehaald; ophalen → heeft opgehaald (the ge goes between prefix and stem) These take hebben, not zijn.

Can I use afhalen instead of ophalen?

Yes. Both mean to pick up/collect. Nuance:

afhalen emphasizes taking something away from a place (very common with shops/counters/pickup points).
ophalen emphasizes picking up and bringing along (also very common). With afhaalpunt, afhalen may feel slightly more expected, but ophalen is perfectly fine.

How would I use pronouns here? For example, replacing phrases with er/daar words.

Replace the location PP op de achterbank: Tom zette de boodschappen erop.
Replace the direct object de boodschappen: Tom zette ze op de achterbank.
Replace bij het afhaalpunt with daar: Tom haalde het daar op. Avoid daarbij here; it usually means in addition to that, not at that place.

Can I front the place phrase for emphasis?

Yes. Dutch allows fronting with subject–verb inversion:

Op de achterbank zette Tom de boodschappen en haalde hij het pakket bij het afhaalpunt op. When you front an element, the finite verb stays in second position, and if you start a new coordinated clause, you state the subject again (haalde hij).