The witness said that the driver had used her phone.

Porque had used está en past perfect (pasado perfecto) y muestra que esa acción ocurrió antes de otra acción en el pasado.

En la oración hay dos momentos:

• the witness said = la testigo habló
• the driver had used her phone = la conductora había usado su teléfono antes de eso

Línea de tiempo:

1. la conductora usa el teléfono
2. después, la testigo lo dice

Por eso had used ayuda a dejar claro qué pasó primero.

Had used es past perfect.

Se forma así:

• had
  • participio pasado

Con el verbo use:

• base: use
• pasado simple: used
• participio pasado: used

Entonces:

• had used

Con este tiempo, had no cambia con la persona:

• I had used
• she had used
• they had used

Siempre es had, no has ni have.

Sí. Muy a menudo se puede omitir.

Las dos versiones son correctas:

• The witness said that the driver had used her phone.
• The witness said the driver had used her phone.