Please reply to my message before midnight.

En correos, chats y mensajes, reply significa responder a ese mismo mensaje/hilo (contestar “en respuesta” a lo que la otra persona dijo).
Answer también puede significar responder, pero suele usarse más con preguntas o de forma más general. En esta oración, reply es lo más natural porque te piden contestar a mi mensaje.

Porque el verbo reply normalmente va con la preposición to:

• reply to + persona/cosa → reply to my message, reply to me
  Decir reply my message suena incorrecto para la mayoría de hablantes.
  Si quieres evitar to, puedes usar answer: Answer my message (entendible, pero en algunos contextos suena menos natural que reply to).

Before midnight significa antes de las 12:00 a. m. (00:00). O sea, no incluye el momento exacto de medianoche.
Si alguien manda la respuesta a las 12:00 a. m., técnicamente ya no es “before midnight”.
Si quisieras incluirlo, se podría decir by midnight (aunque incluso ahí puede haber ambigüedad práctica).

Sí:

• before midnight = en cualquier momento antes de las 12:00 a. m.
• by midnight = a más tardar a medianoche (límite). Muchas veces se entiende como “no después de medianoche”.
  En instrucciones/fechas límite, by es muy común: Please reply by midnight.

Please suaviza la petición. Sin please, puede sonar más directo o mandón: Reply to my message before midnight.
Con please, suena más cortés, pero igual es una petición con urgencia.
Nivel: es neutral (sirve en contextos formales e informales), aunque el resto del mensaje y la relación determinan qué tan formal se percibe.

Aquí reply es un verbo en imperativo (forma para dar instrucciones/pedir algo):

• (You) reply… → el you se entiende, por eso no aparece.
  Empezar con el verbo es típico del imperativo en inglés: Please reply…, Please send…, Please call…

• Reply to my message enfatiza que quieres que la persona conteste en el mismo hilo/conversación (responder a ese mensaje específico).
• Reply to me enfatiza a la persona (yo) como receptor. También es correcto y común.
  En la práctica, ambos suelen funcionar; to my message suena un poco más específico.

Sí, es correcto: Please respond to my message before midnight.
Diferencias de matiz:

• reply = más común en emails/mensajería cotidiana.
• respond = un poco más formal o más “administrativo”.
  Ambas son naturales.

Depende del contexto:

• my message: el mensaje que yo te envié.
• this message: este mensaje (el que estás leyendo ahora). Muy común si estás dentro del mismo mensaje/hilo.
• the message: puede sonar menos específico; sirve si ya está claro cuál es.
  Ejemplos: Please reply to this message before midnight. (muy natural)