My second favorite color is green.

En inglés, los adjetivos normalmente van antes del sustantivo.
El orden en la frase es:

• my → posesivo
• second → número ordinal
• favorite → opinión
• color → sustantivo

Por eso se dice my second favorite color, no my color second favorite ni my favorite second color.
En español podemos decir color favorito o segundo color favorito, pero en inglés el sustantivo casi siempre va al final: favorite color, second favorite color.

Color y colour significan lo mismo: color.
La diferencia es de variedad de inglés:

• color = inglés de Estados Unidos (US English)
• colour = inglés de Reino Unido y otros países (UK English)

Como en la oración se especifica inglés (US), la forma correcta es color.

No, en este caso se dice simplemente My second favorite color is green, sin artículo.

• Cuando hablamos de un color en general como característica, no usamos the ni a:
  
  • The sky is blue.
  • Her eyes are brown.
  • My second favorite color is green.

Sí puedes usar artículo si te refieres a un objeto:

• I like the green one. (Me gusta el verde / el verde de todos)
• This is a nice green. (Este es un verde bonito — refiriéndote a un tono específico)

En la oración, el sujeto completo es My second favorite color.
La estructura es:

• My second favorite color (sujeto)
• is (verbo)
• green (complemento)

No se puede poner it’s ahí, porque it’s significa it is (ya incluye sujeto y verbo).
Decir My second favorite color it’s green es incorrecto porque estarías repitiendo el sujeto: My second favorite color it is green.

En inglés, favorite ya implica “el que más te gusta”, así que normalmente no se usa con more o most.
No se dice more favorite para comparar: en vez de eso, se dice:

• I like blue more than green.

Second favorite no es un comparativo; es una manera de hacer una lista o ranking:

1. My favorite color is blue.
2. My second favorite color is green.
3. My third favorite color is red.

My indica que hablas de tus gustos personales.
Si dices The second favorite color is green, suena a que estás hablando de datos generales de un grupo o una encuesta, no de tu opinión.

• My second favorite color is green. → Hablo de mí.
• The second favorite color in the survey is green. → Hablo del resultado de una encuesta.

Sí, suena completamente natural.
Hay dos maneras correctas y muy comunes:

• My second favorite color is green.
• Green is my second favorite color.

Las dos significan lo mismo; solo cambia el orden de la información. En inglés las dos son naturales.

Los nombres de colores en inglés se escriben con minúscula:

• green, blue, red, yellow, etc.

Solo se escriben con mayúscula si forman parte de un nombre propio:

• Green Day (la banda)
• Mr. Green (el Sr. Green)

Aproximación con español:

• second → /SE-kənd/

  • SE como “se”,
  • kənd con una d muy suave al final.

• favorite → /FÉI-və-rit/ o /FÉI-vrit/

  • FÉI como “fei” en “Facebook”,
  • və muy corta, casi como una e suave,
  • rit como “rit”.

• color → /KÁ-lər/ (US)

  • KÁ como “cá”,
  • lər con una r al final que casi no se rueda.

• green → /griin/

  • como “gríín”, con una i larga.

Lo más natural en inglés es:

• My second favorite color.

Decir literalmente my favorite color number two se entiende, pero suena raro o infantil.
Para listas de gustos, siempre se usa first / second / third favorite:

• My first favorite color is blue.
• My second favorite color is green.
• My third favorite color is red.