The bonus comes after the project.

Porque el sujeto es The bonus, que equivale a it: tercera persona singular.

En presente simple, los verbos llevan -s con he / she / it:

• I come
• You come
• We come
• They come
• He comes
• She comes
• It comes

Por eso decimos The bonus comes after the project y no The bonus come after the project.

Porque come after es una expresión muy natural para hablar de orden, secuencia o qué sucede después de otra cosa.

En esta oración, comes after indica que una cosa va después de otra en una secuencia.

Be after no funciona igual aquí. De hecho, be after muchas veces significa otra cosa, por ejemplo andar buscando algo o a alguien:

• The police are after him.

Así que, para este tipo de idea, lo natural es comes after.

Normalmente no en este contexto.

Go after suele significar cosas como:

• ir tras alguien
• perseguir
• intentar conseguir algo

Ejemplos:

• The dog went after the ball.
• She went after the job.

Para una secuencia u orden, comes after es mucho más natural que goes after.

Porque el presente simple en inglés no solo habla de hábitos. También se usa para:

• hechos generales
• instrucciones
• horarios
• secuencias establecidas

Aquí suena como una regla o un orden normal: primero el proyecto, después el bono.

Si quieres enfatizar el futuro en una situación específica, también podrías oír algo como:

• The bonus will come after the project.

Pero la versión original suena más general y más neutral.

Porque se habla de cosas específicas, no de cualquier bono o cualquier proyecto.

The = el / la / los / las cuando el oyente o lector ya sabe de qué cosa se trata.

• the bonus = el bono específico
• the project = el proyecto específico

Si dijeras:

• A bonus comes after a project

sonaría más general, como una regla sobre cualquier bono y cualquier proyecto.

Además, en inglés, un sustantivo singular contable como bonus o project normalmente necesita algún determinante: the, a, my, this, etc.

After y later se parecen, pero no funcionan exactamente igual.

After necesita o sugiere un punto de referencia claro:

• after the project
• after lunch
• after the meeting

Later significa más tarde, pero no siempre dice después de qué:

• The bonus comes later.

Esa oración puede funcionar, pero es menos específica.
En cambio, The bonus comes after the project deja muy claro cuál es el punto de referencia.

Sí, gramaticalmente se puede, pero no es la forma más neutral.

• The bonus comes after the project. → orden normal y más común
• After the project comes the bonus. → más enfático o más literario

Para una persona que está aprendiendo inglés, lo mejor es usar el orden normal:

sujeto + verbo + complemento

o sea:

The bonus + comes + after the project

Usualmente se pronuncia /kʌmz/.

Puntos útiles:

• suena como komz, pero con una vocal parecida a la u de cup
• la s final suena como z, no como s fuerte

Entonces:

• come = /kʌm/
• comes = /kʌmz/

Eso pasa mucho en inglés: la terminación -s a veces suena como /z/.

Aquí project es un sustantivo, y en inglés de Estados Unidos normalmente se pronuncia:

/ˈprɑː.dʒekt/

La sílaba fuerte es la primera: PRO-ject.

Esto es importante porque project también existe como verbo, y entonces cambia la pronunciación:

• sustantivo: PRO-ject
• verbo: pro-JECT

En tu oración, es sustantivo: the project.

Sí, suena natural, especialmente si estás hablando del orden de eventos o de pasos.

También podrían usarse otras opciones según el contexto, por ejemplo:

• The bonus is paid after the project.
• You get the bonus after the project.
• The bonus comes once the project is finished.

Pero la oración original es correcta y natural para expresar secuencia.