If my stomach hurts, I drink warm tea.

Porque el sujeto es my stomach, y eso es tercera persona singular (it).
En present simple, los verbos suelen llevar -s con he / she / it:

• My stomach hurts.
• He works.
• She drinks.

Por eso decimos my stomach hurts, no my stomach hurt.

If se usa para una condición: si me pasa esto, hago esto otro.
La idea es: en caso de que me duela el estómago, tomo té tibio.

When suena más como algo que ocurre con más seguridad o como algo que pasa cada vez en cierto contexto.

En esta oración, if es muy natural porque expresa una reacción a una posible situación.

• If my stomach hurts, I drink warm tea. = Si me duele el estómago, tomo té tibio.
• When my stomach hurts, I drink warm tea. = Cuando me duele el estómago, tomo té tibio.

Las dos pueden ser correctas, pero if enfatiza más la condición.

Porque esta oración expresa un hábito o una acción general, no una decisión futura específica.

En inglés, para hablar de rutinas o cosas que normalmente pasan, se usa mucho el presente simple en ambas partes:

• If my stomach hurts, I drink warm tea.

Eso significa algo como: cada vez que me pasa, hago eso.

Si dijeras:

• If my stomach hurts, I will drink warm tea.

suena más a una decisión futura en una situación concreta: si me llega a doler el estómago, entonces tomaré té tibio.

Porque does se usa sobre todo en preguntas y negaciones en present simple, no en oraciones afirmativas normales.

Mira la diferencia:

• Afirmativa: My stomach hurts.
• Negativa: My stomach doesn’t hurt.
• Pregunta: Does your stomach hurt?

En afirmativo, el verbo va solo y toma -s si el sujeto es he / she / it.

Las dos expresiones existen, pero no significan exactamente lo mismo:

• warm tea = té tibio / calientito, no muy caliente
• hot tea = té caliente

En contextos de malestar estomacal, warm tea suena muy natural porque da la idea de algo suave y reconfortante, no hirviendo.

Porque tea normalmente es un sustantivo incontable cuando hablamos de la bebida en general.

Por eso se puede decir:

• I drink warm tea.

Si quieres contar una porción o una taza, entonces sí agregas algo:

• I drink a cup of warm tea.
• I drink some warm tea.

Entonces, warm tea sin a es totalmente correcto.

Sí, ambas formas son correctas y muy comunes.

• My stomach hurts.
• I have a stomachache.

La primera expresa literalmente me duele el estómago.
La segunda expresa tengo dolor de estómago.

En la oración también podrías decir:

• If I have a stomachache, I drink warm tea.

Suena natural también.

En inglés normalmente se usa un posesivo para hablar de partes del cuerpo en este tipo de oraciones:

• my stomach
• my head
• my back

Por eso suena natural decir:

• My stomach hurts.

Decir solo stomach hurts no es correcto en este caso, porque falta algo antes del sustantivo.

Porque la oración empieza con una cláusula con if:

• If my stomach hurts, I drink warm tea.

En inglés, cuando una cláusula como if, when, because, etc. va al inicio, normalmente se pone una coma antes de la oración principal.

Compara:

• If my stomach hurts, I drink warm tea.
• I drink warm tea if my stomach hurts.

Las dos son correctas.
La coma se usa normalmente cuando la parte con if va primero.

Habla de algo general o habitual.

• If my stomach hurts, I drink warm tea.
  = Cuando me pasa eso, esa es mi costumbre.

Si hablaras de ahora mismo, en una situación específica, en inglés normalmente usarías otra estructura, por ejemplo:

• My stomach hurts, so I’m drinking warm tea.

Eso significa: me duele el estómago ahora, así que estoy tomando té tibio.

Sí, pero no siempre suenan igual.

• stomach = más neutral y común para hablar de dolor o malestar
• belly = más informal, más infantil o más casual en muchos contextos

Para malestar físico, stomach suena más natural:

• My stomach hurts.

My belly hurts también existe, pero puede sonar más casual o más común en el habla con niños.

Porque esta estructura se usa mucho para hablar de verdades generales, hábitos, rutinas o resultados habituales.

La fórmula aquí es algo como:

• If + present simple, present simple

Ejemplo:

• If it rains, I stay home.
• If I feel tired, I go to bed early.
• If my stomach hurts, I drink warm tea.

No está hablando de un evento único del futuro, sino de una reacción normal o típica.

Gramaticalmente puede aparecer is hurting, pero en esta oración no suena tan natural.

• My stomach hurts = forma más normal para expresar dolor en general
• My stomach is hurting = puede sonar más temporal o enfático, como me está doliendo

Como la oración habla de una costumbre o hábito, hurts encaja mejor:

• If my stomach hurts, I drink warm tea.

Si hablas de este momento, sí podrías oír algo como:

• My stomach is hurting, so I’m drinking warm tea.

Pero para la oración original, hurts es la mejor opción.