Learn Hardcore Inglés: I don't understand how the bus can arrive so late. - No entiendo por qué el autobús puede llegar tan tarde.

I don't understand = No entiendo / no lo comprendo.
Habla de un hecho: en este momento no lo entiendes.
I can't understand = No puedo entender / me resulta imposible entender.
Suena un poco más fuerte, más emocional, como si fuera algo increíble o frustrante.

En esta oración, I don't understand es la forma más neutra y común. I can't understand también sería correcta, solo sonaría un poco más dramática:
I can't understand how the bus can arrive so late.

¿Por qué es how the bus can arrive y no how can the bus arrive?

Porque no es una pregunta directa, sino una pregunta indirecta dentro de una oración.

Pregunta directa (sí lleva inversión):
- How can the bus arrive so late?
  = ¿Cómo puede llegar el autobús tan tarde?
Pregunta indirecta (no lleva inversión):
- I don't understand how the bus can arrive so late.
  = No entiendo cómo el autobús puede llegar tan tarde.

Regla práctica:
Si la frase empieza con algo como I don't know, I wonder, I don't understand, etc., la parte con how / what / where / why va con orden normal: sujeto + verbo (the bus can arrive), sin invertir (can the bus arrive).

¿Qué función tiene can en the bus can arrive so late? ¿Podría usar could?

Can aquí expresa posibilidad o capacidad:

how the bus can arrive so late
= cómo es posible que el autobús llegue tan tarde / cómo puede llegar tan tarde.

Si usas could, el matiz cambia:

I don't understand how the bus could arrive so late.
- Puede sonar a:
  - Pasado: no entiendo cómo el autobús pudo llegar tan tarde (en una ocasión específica), o
  - Algo hipotético / difícil de creer.
can = algo que pasa o puede pasar en general.
could = más hipotético, más suave o más enfocado en el pasado (según el contexto).

En la frase original, can es natural si hablas de una situación que pasa (o puede pasar) regularmente.

¿Por qué se usa arrive y no come o get?

En inglés:

arrive = llegar (verbo más formal / estándar para llegar a un lugar o a una hora).
come = venir (moverse hacia donde está la persona que habla).
get (en este contexto) = llegar (muy informal, muy usado en conversación).

En el caso de un bus y su horario:

arrive es el verbo más natural:
- The bus arrives at 8:00. = El autobús llega a las 8:00.
- The bus can arrive so late. = El autobús puede llegar tan tarde.

También podrías oír:

The bus can come so late.
Es posible, pero suena menos natural hablando de horarios oficiales.
The bus can get here so late.
Más coloquial, con énfasis en “aquí”.

Para hablar neutralmente de la hora a la que llega un medio de transporte, arrive es la mejor opción.

¿Por qué es so late y no very late?

Tanto so como very intensifican el adjetivo late (tarde), pero:

very late = muy tarde
Solo indica un alto grado, sin juicio emocional fuerte.
so late = tan tarde
Suele implicar sorpresa, molestia o incredulidad:
- so late = tan tarde (¡qué tan tarde! / no puedo creer lo tarde que es).

En la frase:

I don't understand how the bus can arrive so late.
Transmite molestia o indignación: “No entiendo cómo el bus puede llegar tan tarde (¡es exagerado!)”.

Very late sería correcta gramaticalmente, pero so late suena más emocional.

¿Puedo decir I do not understand en vez de I don't understand? ¿Hay diferencia?

Gramaticalmente son iguales:

I don't understand = forma contraída, más común en conversación y en la escritura informal.
I do not understand = forma completa, más formal o enfática.

La forma completa con do not también se usa cuando quieres enfatizar el no:

I do not understand how the bus can arrive so late.
= De verdad no entiendo cómo el autobús puede llegar tan tarde.

En el inglés hablado del día a día, casi siempre se usa I don't understand.

¿Se puede usar why en lugar de how? ¿Qué diferencia hay entre how y why aquí?

Sí, se puede usar why, pero cambia el enfoque:

I don't understand how the bus can arrive so late.
- Enfoca el modo o la posibilidad:
  No entiendo cómo es posible que el bus llegue tan tarde / de qué manera ocurre eso.
I don't understand why the bus can arrive so late.
- Enfoca la razón o causa:
  No entiendo por qué el bus puede llegar tan tarde (cuál es la razón).

Ambas son correctas, pero:

how = “cómo es posible”, “de qué manera pasa eso”.
why = “por qué”, “qué razón hay”.

En contextos de queja o frustración, how es muy común para expresar incredulidad:
How can the bus arrive so late? = ¿Cómo puede llegar tan tarde?

¿Es posible decir I don't understand how the bus arrives so late sin can? ¿Cambia el significado?

Sí es posible, pero el matiz cambia:

I don't understand how the bus can arrive so late.
- Habla de la posibilidad o capacidad:
  No entiendo cómo puede llegar tan tarde (cómo es posible).
I don't understand how the bus arrives so late.
- Suena más a hábito / rutina:
  No entiendo cómo (es que) el bus llega tan tarde (cuando lo hace normalmente).

En la práctica:

Con can, suena más a “no entiendo cómo es posible que pase esto”.
Sin can, suena más a descripción de algo que sucede con frecuencia.

Las dos son correctas; la original con can enfatiza lo increíble o lo ilógico de la situación.

¿Por qué se usa the bus y no a bus? ¿Podría decir a bus?

Puedes decir a bus, pero el significado cambia:

the bus = el autobús (uno específico que todos en la conversación conocen: la línea que usas, el bus de las 8:00, etc.).
a bus = un autobús cualquiera (no uno específico).

En la oración:

I don't understand how the bus can arrive so late.
- Habla de un bus conocido o habitual: el que tú tomas, la ruta de siempre, etc.

Si dijeras:

I don't understand how a bus can arrive so late.
- Suena más general: “no entiendo cómo un autobús (en general) puede llegar tan tarde”.

Normalmente, cuando te quejas del transporte que usas, dices the bus.

¿Puedo decir how the bus can be so late en vez de arrive so late? ¿Hay diferencia?

Sí, es posible y es común, pero no es exactamente lo mismo:

how the bus can arrive so late
- Enfoca el momento de la llegada:
  - la hora en la que llega,
  - el hecho de “llegar tarde”.
how the bus can be so late
- Enfoca el estado de estar retrasado:
  - cuánto tiempo lleva de retraso,
  - la situación general de “estar tan atrasado”.

Ejemplos:

I don't understand how the bus can arrive so late.
No entiendes cómo puede llegar a una hora tan tardía.
I don't understand how the bus can be so late.
No entiendes cómo puede estar tan retrasado (tal vez ya lleva 40 minutos de atraso).

Las dos versiones son correctas y muy naturales en inglés.