The instructions explain each penalty.

Porque instructions es un sustantivo plural: instruction = instrucción, instructions = instrucciones.

En esta oración, the instructions se refiere a un conjunto de indicaciones o reglas, no a una sola.

• The instruction explains each penalty. = La instrucción explica cada penalización.
• The instructions explain each penalty. = Las instrucciones explican cada penalización.

Además, como el sujeto es plural, el verbo va como explain, no explains.

Porque el sujeto es the instructions, y ese sujeto es plural.

En presente simple:

• I/You/We/They explain
• He/She/It explains

Como instructions equivale a they, usamos explain.

Ejemplos:

• The book explains the rule.
• The books explain the rule.

The es el artículo definido en inglés. En español normalmente se traduce como el, la, los, las, según el contexto.

Aquí, the instructions significa que hablamos de instrucciones específicas, conocidas por el hablante y el oyente.

• The instructions = las instrucciones
• Instructions = instrucciones en sentido más general

Entonces:

• The instructions explain each penalty. = Las instrucciones explican cada penalización.
  No se trata de cualquier instrucción, sino de unas instrucciones concretas.

Each significa cada. Se usa para hablar de los elementos de un grupo uno por uno, individualmente.

En each penalty, la idea es cada penalización por separado.

Comparación:

• each penalty = cada penalización
• all penalties = todas las penalizaciones
• every penalty = cada penalización / todas, con sentido general

En esta oración, each enfatiza que las instrucciones explican una por una las penalizaciones.

Porque each normalmente va seguido de un sustantivo singular contable.

Correcto:

• each penalty
• each rule
• each student

Incorrecto:

• each penalties
• each rules
• each students

Esto puede confundir a hispanohablantes porque en español decimos cada penalización, y también usamos singular después de cada. En inglés funciona de manera muy parecida.

En muchos casos, each y every pueden traducirse como cada, pero no siempre suenan exactamente igual.

• each pone más atención en los elementos individualmente
• every expresa la idea del conjunto completo, de manera más general

Entonces:

• The instructions explain each penalty.
  Suena como que explican una por una las penalizaciones.

• The instructions explain every penalty.
  También es correcto, pero suena un poco más general: explican todas las penalizaciones.

En esta oración, each destaca mejor la idea individual.

No siempre. Penalty puede traducirse de distintas maneras según el contexto:

• penalización
• pena
• castigo
• sanción
• multa en algunos contextos

Ejemplos:

• En deportes: penalty puede ser penalización o incluso penal según el caso.
• En reglas o contratos: puede ser sanción.
• En impuestos o pagos atrasados: puede ser multa o recargo.

En esta oración, como aparece con instructions, probablemente se refiere a sanciones o penalizaciones explicadas en reglas.

Es presente simple.

Se usa para:

• hechos generales
• descripciones
• instrucciones
• hábitos
• información que se considera válida en general

Aquí la oración describe una función general de las instrucciones: explican cada penalización.

No significa necesariamente que lo están explicando justo ahora. Para eso sería más común algo como:

• The instructions are explaining...
  Pero esa forma suena poco natural aquí.

La opción natural para este tipo de idea es el presente simple:

• The instructions explain each penalty.

No. Eso es incorrecto.

La regla es:

• sujeto singular + explains
• sujeto plural + explain

Como instructions es plural, debe ser:

• The instructions explain each penalty.

Solo usarías explains con un sujeto singular, por ejemplo:

• The instruction explains each penalty.
• The guide explains each penalty.

Una pronunciación aproximada para hispanohablantes sería:

dhə in-STRUK-shənz iks-PLÉIN ich PÉ-na-lti

Algunas pistas:

• the antes de consonante suele sonar como dhə
• instructions lleva la fuerza principal en STRUK
• explain suena como iks-PLÉIN
• each suena como iich
• penalty en inglés de Estados Unidos suele sonar parecido a PÉ-na-lti

Si quieres separarla por partes:

• The instructions
• explain
• each penalty

En una oración normal y completa, eso suena poco natural o incorrecto.

Lo normal es:

• The instructions explain each penalty.

Sin the, instructions queda muy general y la frase no suena natural como sujeto en este caso.

Ojo: sí puedes ver Instructions sin artículo en títulos, encabezados o etiquetas, por ejemplo:

• Instructions
• Safety Instructions

Pero en una oración completa, lo más natural aquí es usar the.