The penguin swims in cold water.

The es el artículo definido en inglés. Aquí se usa para hablar de el pingüino como idea general o como un pingüino específico según el contexto.

• The penguin... = el pingüino...
• A penguin... = un pingüino...

En oraciones simples de ejemplo, the muchas veces se usa para representar al animal como categoría o para señalar uno ya conocido.

En inglés, los sustantivos contables en singular casi siempre necesitan un determinante delante, por ejemplo:

• the penguin
• a penguin
• my penguin

No se dice normalmente Penguin swims... porque falta ese elemento.
Por eso penguin en singular necesita the en esta oración.

Porque el sujeto es the penguin, que equivale a he / she / it en tercera persona singular.

En presente simple:

• I swim
• You swim
• We swim
• They swim
• He swims
• She swims
• It swims

Como penguin es singular, usamos swims.

Buena pregunta. Las dos formas existen, pero no significan exactamente lo mismo.

• The penguin swims in cold water.
  Habla de un hecho general, un hábito o una característica.
• The penguin is swimming in cold water.
  Habla de una acción que está ocurriendo ahora mismo.

Entonces, en esta oración se usa swims porque describe algo general sobre el pingüino.

Se usa in porque el pingüino está dentro del agua.

• in the water = en el agua / dentro del agua
• on the water = sobre la superficie del agua
• at the water = en el agua como lugar general, pero no necesariamente dentro

Como nadar implica estar dentro del agua, in es la opción natural.

Porque en inglés los adjetivos normalmente van antes del sustantivo.

• cold water = agua fría
• big penguin = pingüino grande
• black feathers = plumas negras

En español solemos poner el adjetivo después, pero en inglés generalmente va antes.

Porque water aquí se usa en sentido general, no como un agua específica.

• in cold water = en agua fría, de manera general
• in the cold water = en el agua fría, una agua específica ya conocida en el contexto

Si solo estamos describiendo el tipo de agua donde nada el pingüino, in cold water suena más natural.

Water normalmente es un sustantivo incontable en inglés. Por eso no suele llevar a/an cuando hablamos de la sustancia en general.

Correcto:

• cold water
• some water
• the water

No natural en este contexto:

• a water

A water solo puede aparecer en situaciones especiales, por ejemplo en un restaurante para pedir una botella o un vaso de agua, pero no para hablar del agua como sustancia.

Sí, y también es una oración muy natural.

La diferencia es:

• The penguin swims in cold water.
  Habla de el pingüino en singular, o de la especie de forma representativa.
• Penguins swim in cold water.
  Habla de los pingüinos en general, en plural.

Muchas veces, para generalizaciones, el plural sin artículo suena muy común:

• Dogs bark.
• Birds fly.
• Penguins swim in cold water.

En inglés de Estados Unidos, penguin se pronuncia aproximadamente PEN-gwin.

Pistas útiles:

• La primera sílaba suena como pen
• La segunda suena parecido a gwin

Aproximación para hispanohablantes:

• PEN-guin o PEN-güin, pero tratando de hacer la segunda parte más corta y suave

No hace falta pronunciar una u fuerte como en español.

Sí, está en presente simple.

El presente simple en inglés se usa para:

• hábitos
• rutinas
• hechos generales
• verdades científicas o descripciones

Aquí expresa un hecho general sobre el pingüino: que nada en agua fría.
No significa necesariamente que esté nadando justo en este momento.

No. En inglés, normalmente el sujeto sí debe aparecer.

En español podemos decir:

• Nada en agua fría

Pero en inglés no se dice solo:

• Swims in cold water

Lo correcto es incluir el sujeto:

• The penguin swims in cold water.

Con presente simple usamos does para tercera persona singular.

Negativa:

• The penguin does not swim in cold water.
• Contracción: The penguin doesn’t swim in cold water.

Pregunta:

• Does the penguin swim in cold water?

Fíjate en algo importante:

• En afirmativa: swims
• En negativa y pregunta: swim

Eso pasa porque la -s se mueve al auxiliar does.